Опять же нужно смотреть сообщение о торгах.
Если в сообщении о торгах прямо не указано, что задаток рассчитывается от цены предложения, которая действует в определенный период, то задаток лучше оплатить, рассчитывая его от начальной цены, которая была установлена первой.
Судебная практика при решении данного вопроса сложилась неоднозначная. Смотрите, например,
Постановление 9ААС от 29.04.2015 № А09АП-13591/2015,
Постановление 15ААС от 11.07.2014 № 15АП-5705/2014.
Иногда в сообщениях прямо пишут сумму задатка, которая подлежит оплате независимо от этапа на котором действует та или иная цена предложения. Смотрите например,
Постановление 3ААС от 10.11.2014 № А33-14033/2008к32.